脊索动物门

90年代及以前的動物學家認為脊索動物門包括半索動物亞門、尾索動物亞門、頭索動物亞門跟脊椎動物亞門，其中半索動物亞門、尾索動物亞門、頭索動物亞門通常稱為原索動物類亞門（學名：Protochordates）。傑佛瑞斯的研究認為鈣索動物亞門也包括脊索動物門。學者認為這五個類群都來自同一個祖先，或者與棘皮動物有關係。

脊索动物的普遍特征包括：在生命中的一定阶段具有脊索、中空的背神经索、咽鳃裂以及肛后尾。被囊动物（尾索动物）的幼体具有脊索和神经索，但在成体中消失；头索动物终身保留脊索和神经索；而在进化程度最高的脊椎动物中，脊索由骨质脊柱取代。

以下列表参考自《Vertebrate Palaeontology》第四版，脊椎动物以外的类群参考自《Fishes of the World》。虽然该分类体系为反映演化关系而采用亲缘分支分类法，但也保留了林奈分类法中使用的传统分类等级。

• 脊索动物门
  • †古蟲動物亞門? Vetulicolia
  • 头索动物亚门 Cephalochordata（文昌鱼类，现存30种）
    • 头索纲 Leptocardii
  • 嗅球类 Olfactores
    • 被囊动物亚门 Tunicata（旧称尾索动物亚门 Urochordata，现存约3000种）
      • 海鞘纲 Ascidiacea
      • 樽海鞘纲 Thaliacea
      • 尾海鞘纲 Appendicularia（旧称幼形纲 Larvacea）
      • 深水海鞘纲 Sorberacea
    • 脊椎动物亚门 Vertebrata（即有頭動物 Craniata，現存60000余种）
      • 無頜總綱 Agnatha（並系群，现存100余种）
        • 圆口纲 Cyclostomata
          • 盲鳗亚纲 Myxini（现存65种）
          • 七鳃鳗亚纲 Petromyzontida（=Hyperoartia，现存38种）
        • †牙形石纲 Conodonta
        • †昆明鱼目 Myllokunmingiida
        • †鳍甲鱼纲 Pteraspidomorphi
        • †花鳞鱼纲 Thelodonti
        • †缺甲鱼纲 Anaspida
        • †头甲鱼纲 Cephalaspidomorphi
      • 有颌下门 Gnathostomata
        • †盾皮鱼纲 Placodermi（古生代的一支披甲鱼类，与有颌下门的其他所有类群为并系关系）
        • †棘鱼纲 Acanthodii（古生代的一类体表带刺的鲨鱼，与软骨鱼纲为并系关系）
        • 软骨鱼纲 Chondrichthyes（现存1000余种）
        • 硬骨鱼纲 Osteichthyes
          • 辐鳍鱼亚纲 Actinopterygii（也称条鳍鱼，现存30000余种）
          • 肉鳍鱼亚纲 Sarcopterygii（也称总鳍鱼；在不含四足類的情况下，现存8种）
        • 四足总纲 Tetrapoda（此级以下遵循英国古生物学家 Michael Benton 在2004年的分类，糅合了林奈分类法与亲缘分支分类法，在保留分类等级的同时，也反映了系统演化关系。Benton 将四足总纲归入肉鳍鱼亚纲，以反映四足类直接演化自肉鳍鱼类，尽管前者被赋予了更高的分类等级。）
          • 两栖纲 Amphibia（现存8100余种）
          • 蜥形纲 Sauropsida（包括爬行类和鸟类，前者现存9500余种，后者现存10000－19000余种）
          • 合弓纲 Synapsida（侏罗纪以后演化为哺乳纲 Mammalia，现存5500－6400种）

依照亲缘分支分类法，脊索动物门的系统发生树如下所示，符号 † 表示已灭绝，双杠线表示为并系群。

• . Integrated Taxonomic Information System.

维基共享资源中相关的多媒体资源：脊索动物

維基物種中的分类：脊索动物

• 網絡生命大百科
• GlobalTwitcher.com 中有关脊索动物的信息
• 生命之树网络项目对脊索动物的分类 （页面存档备份，存于）
• 美国国家生物技术信息中心（NCBI）对脊索动物的分类