分子力学

Molecular mechanics potential energy function with continuum solvent.

下文中的函数（即化学势函数，或称化学力场函数），用于在给定的构象下，对独立能量进行加和，计算分子体系的势能（E）。

${\displaystyle \ E=E_{\text{covalent}}+E_{\text{noncovalent}}\,}$

其中，共价键和非共价键的贡献由下面的和式求出：

${\displaystyle \ E_{\text{covalent}}=E_{\text{bond}}+E_{\text{angle}}+E_{\text{dihedral}}}$

${\displaystyle \ E_{\text{noncovalent}}=E_{\text{electrostatic}}+E_{\text{van der Waals}}}$

分子体系的确切的势能函数形式，或其分子力场形式，取决于所使用的特定的仿真程序。

分子力学的一个应用是能量最小化。换句话说，将 力场原则用作 优化 准则，通过适当算法（如 最速下降法）寻找（局部）最小值。

这个列表不完整。有许多列表中未包含的软件可以用于进行分子力学模拟的计算。

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• Molecular dynamics simulation methods revised
• Molecular mechanics - it is simple （页面存档备份，存于）